Osmanlı toplumundaki bir başka huzursuzluk konusu da “Asker – Medreseliler” arasındaki çatışma idi. Medreselilerin askerlik hizmetinden bağışık tutulmasını haksızlık olarak değerlendiren Harbiyeliler, bu durumun devamı için medrese mensuplarının hiç olmazsa basit bir okuma-yazma sınavına tabi tutulmalarını istiediler. Şeyhülislamlık ile Harbiye Nezareti arasındaki pazarlık sonucu medreselilerin birkaç satır yazı yazmalarını, birkaç basit cümle okumalarını ve Namaz, Oruç bahislerinden sorular içeren bir sınava tabi tutulmaları kabul edildi.
Bu karar, medreselilerde Harbiye Nazırı’na karşı büyük öfke doğurdu. Yapılan basit sınavlarda medrese tahsilli olanların çoğunluğu başarılı olamadı. Bu durum Osmanlı’da medreseli olan din adamlarının büyük çoğunluğunun okuma yazma bilmediği ve cahil olduklarını gösteriyordu. Kendisi cahil olan çevresine nasıl bilgi aktaracaktı?
“Hey 15’li” türkülerine konu olan lise öğrencilerinin cephelere gönderildiği ve şehit olduğu zamanlarda askerlikten bağışık olan ve askere gitmekten kaçan medreselilerin, din adamlarının askere alınmasına karar verildi. Medreselilerin Atatürk düşmanlığının bir gerekçesi de budur.