Çaka Bey, Bizans ile Peçenekler arasındaki mücadeleden de faydalanarak 1081 yılında Bizans’ın elindeki Smyrna’yı ( İzmir), yaklaşık 8.000 askeriyle ele geçirdi. Buradaki Rum ustaları kullanarak 40 parçalık bir donanma oluşturdu. Donanmanın oluşturulduğu 1081 yılı, T. Deniz Kuvvetlerinin kuruluş tarihi olarak kabul edilmektedir. Bizans’ın Balkanlar’da ve Peçenekler ile yaptığı çarpışmalardan haberdar olan Çaka Bey, Smyrna merkezli beyliğinin sınırlarını genişletme amacı ile, ilk olarak Klazomenai’i (Urla) ele geçirdi. Ardından Phokaia’ya (Foça) düzenlediği ilk saldırıda şehri topraklarına kattı.Sonra Lesbos’un (günümüzde Midilli) Sakız,Sisam Rodos’u da.
Bizans imparatoru Komnenos, Çaka Bey’in Bizans ve Selçuklular için bir tehlike olduğunu savunarak I. Kılıç Arslan ile Çaka Bey’e karşı Abidos kuşatması esnasında Bizans donanması denizden, Selçuklu ise karadan harekete geçti. İki devlet ittifakından haberi olmayan Ç.Bey, I. Kılıç Arslan tarafından merasimle karşılandı. I. Kılıç Arslan, ziyafet sırasında kılıcını çekerek Çaka Bey’i öldürdü.
Komnenos, I. Kılıç Arslan’ı da Nicaea’dan çıkarmak için Avrupa’daki Hıristiyan devletleri harekete geçirdi ve Birinci Haçlı Seferi’nin başlamasını sağladı. 1097 yılında şehri ele geçiren Haçlılar, burayı Bizans’a teslim etti.[13] Anadolu’nun içlerine doğru ilerleyen Haçlılar Dorlion’da (günümüzde Eskişehir) yapılan muharebede Selçukluları mağlup ederken, Smyrna’ya saldıran Bizans kuvvetleri de şehri karadan ve denizden kuşattı. Şehir teslim edilmesina ağmen, 1097 yazında 10.000 kadar Türk kılıçtan geçirildi. Bir başka Türk beyi Tanrıvermiş’in elinde bulunan Ephesos’u da teslim alan Bizans ordusu, esir edilen yaklaşık 2.000 Türk’ü adalara dağıttı.
Çaka Bey’in Türkmenleri önce Polybotum (Bolvadin), sonrasında ise Alaşehir’e . Filadelfiya’nın da Bizans tarafından alınmasının ardından ise bu Türkmenler daha da doğuya, Geredeye çekildi.